Công ty được hình thành từ những năm 1973, với tên gọi là Thành Tài Phân bón Công ty (Thataco). Sau giải phóng Miền Nam 1975, Thataco được chuyển cho Nhà nước và năm 1976 được đổi tên thành Xí nghiệp Phân bón Bình Điền II, trực thuộc Công ty Phân bón Miền Nam. Bằng sự phát triển lớn mạnh của mình, đến ngày 6/5/2003 Xí nghiệp Phân bón Bình Điền II đã được Bộ trưởng Bộ Công nghiệp thừa ủy quyền của Thủ tướng Chính phủ ký quyết định chuyển thành Công ty Phân bón Bình Điền, trực thuộc Tổng Công ty Hóa chất Việt Nam (nay là Tập đoàn Hóa chất Việt Nam) và đến năm 2011, Công ty được cổ phần hóa và có tên gọi Công ty cổ phần phân bón Bình Điền. Trong quá trình phát triển của mình, Công ty cổ phần phân bón Bình Điền với thương hiệu phân bón Đầu Trâu luôn luôn là đơn vị dẫn đầu của ngành sản xuất phân bón trong cả nước về năng suất, chất lượng, hiệu quả. Doanh số năm sau cao hơn năm trước, đến năm 2004, Bình Điền chính thức gia nhập những doanh nghiệp có doanh số trên 1000 tỷ đồng. Liên tiếp trong những năm 2007 đến nay, Bình Điền đã đứng đầu về doanh số trong các đơn vị thành viên của Tập đoàn Hóa chất Việt Nam. Năm 2010, với sự phát triển mạnh mẽ Bình Điền luôn nằm trong Top 500 doanh nghiệp lớn nhất nước. Công ty cũng được bình chọn là 1 trong 129 thương hiệu mạnh Việt Nam và là doanh nghiệp tiêu biểu 3 nước Đông Dương: Việt Nam, Lào, Campuchia.

Từ một đơn vị sản xuất phân bón nhỏ với sản lượng hàng năm vài ngàn tấn, Công ty cổ phần phân bón Bình Điền đã không ngừng nghiên cứu, cải tiến công nghệ, thiết bị, phát triển sản phẩm, mở rộng thị trường, sắp xếp lại tổ chức và đào tạo nguồn nhân lực để sản xuất ra những sản phẩm có chất lượng ngày càng cao hơn. Công ty cổ phần phân bón Bình Điền đã được Chủ tịch nước CHXHCN Việt Nam tặng thưởng "Huân chương lao động hạng hai" năm 1999 và "Huân chương Lao động hạng nhất" năm 2008. Và thương hiệu Phân bón Đầu Trâu của Công ty cũng đã trở thành thương hiệu uy tín đối với bà con nông dân, đã đạt nhiều danh hiệu và giải thưởng chất lượng như: Hàng Việt Nam chất lượng cao (15 năm liên tục), giải Vàng Chất lượng Việt Nam (5 năm), cúp vàng Doanh nghiệp tiêu biểu, Topten Phân bón, Cúp vàng Vì sự nghiệp xanh Việt Nam (4 năm), Cúp vàng nông nghiệp Việt Nam, ... và hơn 100 danh hiệu, giải thưởng, huy chương vàng các loại khác.

Với các nhà máy sản xuất và mạng lưới phân phối rộng khắp trên toàn quốc và các nước lân cận; đặc biệt với đội ngũ cán bộ 100 người có trình độ kỹ sư, thạc sĩ và tiến sĩ, cộng với 300 công nhân lành nghề, Công ty cổ phần phân bón Bình Điền đã phát triển nhanh chóng và là nhà tiên phong trong việc xuất khẩu phân bón "made in Vietnam" ra các nước trong khu vực với bao bì in ấn bằng tiếng bản địa nên được nông dân nước bạn ưa chuộng.

Công ty là đơn vị đầu tiên và duy nhất trong ngành phân bón có Hội đồng Cố vấn KHKT gồm các Giáo sư, Tiến sĩ hàng đầu về nông nghiệp, Công ty cũng quan hệ chặt chẽ với các Viện Nghiên cứu, Trường Đại học để từ đó ứng dụng các tiến bộ công nghệ mới nhất vào sản phẩm của mình. Công ty luôn đa dạng về chủng loại sản phẩm, đến nay Công ty có hơn 100 loại sản phẩm phù hợp với từng loại đất đai và thời kỳ sinh trưởng của từng loại cây trồng, phong phú về mẫu mã. Hầu hết các sản phẩm mới về phân bón NPK sản xuất trong nước, Công ty cổ phần phân bón Bình Điền luôn là đơn vị đi đầu. Và là đơn vị đầu tiên đưa ra các loại sản phẩm chuyên dùng cho cây trồng như: Chuyên dùng cho cây lúa, cà phê, cao su, mía, cây ăn trái, điều, rau - màu, chè, ngô, lạc v.v.v làm tăng năng suất và chất lượng nông sản. Để tăng chu kỳ sống của sản phẩm, các sản phẩm của Công ty ngày càng được bổ sung về hàm lượng kỹ thuật, chất lượng sản phẩm ngày một hoàn thiện hơn, để người nông dân khi sử dụng các sản phẩm của Công ty luôn đạt hiệu quả cao nhất.

Không ngừng lại đó, công ty đã nghiên cứu và ứng dụng thành công tiến bộ KHKT của các nhà khoa học Mỹ, để cho ra đời dòng sản phẩm Đầu Trâu + Agrotain giúp tiết kiệm lượng bón từ 25-30% (trong khi giá thành chỉ cao hơn phân UREA là 10%) và sản phẩm phân bón Đầu Trâu 46P+ giúp giảm lượng bón từ 40-50% so với DAP. Đây là dòng sản phẩm độc quyền của công ty. Với việc ứng dụng thành công những tiến bộ KHKT trên đã giúp nông dân tiết kiệm hàng trăm tỷ đồng hàng năm nếu sử dụng sản phẩm của công ty. Và quan trọng hơn, việc sử dụng dòng sản phẩm Agrotain góp phần vào việc giảm thiểu ô nhiễm môi trường so với việc sử dụng phân UREA, đồng thời làm tăng năng suất và chất lượng nông sản.

Công ty được cấp phép hoạt động trong các lĩnh vực:

- Sản xuất, kinh doanh các loại phân bón vô cơ, hữu cơ, vi sinh, vi lượng và các chất kích thích tăng trưởng cho cây trồng, vật nuôi.

- Kinh doanh xuất nhập khẩu các sản phẩm phân bón, các thiết bị và công nghệ sản xuất phân bón, công cụ máy nông nghiệp, giống, cây trồng và các loại nông sản.

- Nghiên cứu sản xuất các sản phẩm phân bón. Thiết kế các thiết bị, công nghệ sản xuất phân bón.Thực hiện các dịch vụ có liên quan.

- Liên kết, liên doanh sản xuất phân bón với các đối tác trong và ngoài nước.

- Kinh doanh bất động sản, địa ốc (kinh doanh nhà ở, văn phòng) và cho thuê kho bãi (chỉ thực hiện đối với các dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt).

- Mua bán, sản xuất, gia công sang chai, đóng gói thuốc bảo vệ thực vật.

- Sản xuất kinh doanh và dịch vụ những ngành nghề khác theo quy định của pháp luật

Công ty cổ phần Phân bón Bình Điền hiện có 1 nhà máy chính và 5 công ty thành viên:

- Nhà máy Phân bón Bình Điền - Long An

- Công ty Cổ phần Bình Điền - Lâm Đồng

- Công ty Cổ phần Bình Điền - Quảng Trị

- Công ty Cổ phần Bình Điền - Mekong

- Công ty Cổ phần Bình Điền - Ninh Bình

- Công ty TNHH MTV thể thao Bình Điền Long An

Hiện tại, Công ty sản xuất trên 100 mặt hàng thuộc các loại như: Đầu Trâu Agrotain, phân NPK chuyên dùng, phân NPK TE cao cấp , phân bón NPK thông dụng, phân khoáng hữu cơ và phân bón lá. Các sản phẩm này thuộc các nhóm phân bón dạng hạt, phân bón dạng 3 màu, phân dạng bột và phân dạng nước và thuốc BVTV.

Với việc áp dụng hệ thống quản lý chất lượng ISO 9001:2015, tất cả các nguyên liệu trước khi đưa vào sản xuất đều phải qua hệ thống kiểm tra nghiêm ngặt nhằm đảm bảo chất lượng đầu vào.Từng công đoạn trong quá trình sản xuất cũng được quản lý chất lượng một cách chặt chẽ, chính vì vậy tất cả các sản phẩm phân bón Đầu Trâu đều đạt tiêu chuẩn Việt Nam và tiêu chuẩn quốc tế.